Sistem mengikuti siklus kegiatan sesuai dengan komponen masing masing. Siklus sistem penjaminan mutu internal terdiri atas:
- Penetapan standar sebagai landasan dimana Standar Nasional Pendidikan merupakan krite-ria minimal yang harus dipenuhi.
- Pemetaan mutu pendidikan yang dilaksanakan oleh satuan pendidikan berdasarkan standar mutu yang telah ditetapkan;
- Pembuatan rencana peningkatan mutu yang dituangkan dalam rencana kerja sekolah;
- Pelaksanaan pemenuhan mutu baik dalam program kerja maupun proses pembelajaran;
- Evaluasi/audit terhadap proses pelaksanaan pemenuhan mutu yang telah dilakukan.
Seluruh siklus ini dilaksanakan oleh satuan pendidikan. Sementara siklus sistem penjaminan mutu eksternal terdiri atas:
- Pemetaan mutu satuan pendidikan berdasarkan Standar Nasional Pendidikan;
- Perencananaan peningkatan mutu yang dituangkan dalam rencana strategis;
- Fasilitasi pemenuhan mutu di seluruh satuan pendidikan;
- Monitoring dan evaluasi terhadap proses pelaksanaan pemenuhan mutu;
- Penetapan dan evaluasi Standar Nasional Pendidikan;
- Pelaksanaan akreditasi satuan pendidikan dan/atau program keahlian.
Siklus sistem penjaminan mutu eksternal ini dilaksanakan oleh pemerintah, pemerintah daerah, lembaga standardisasi (BSNP) dan lembaga akreditasi BAN S/M atau lembaga akreditasi mandiri sesuai kewenangan masing-masing.